Hải đảo vùng Caribe được Tổ chức Bảo tồn Quốc tế xem là một trong những điểm nóng với hệ sinh vật đa dạng vì môi trường thiên nhiên đặc thù và phong phú, bao gồm từ miền rừng cao nguyên mây phủ đến đất bãi khô cằnxương rồng. Những hệ sinh thái này đã bị thiệt hại nhiều vì sinh hoạt con người xâm nhập cùng phá rừng. Nhiều loại bò sát, chim chóc và muông thú bị đe dọa tuyệt chủng, trong số đó phải kể cá sấu Cuba và khu rừng già trên đảo Puerto Rico.